本網(wǎng)訊 近日，我校茶樹(shù)生物學(xué)與資源利用國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室夏恩華教授團(tuán)隊(duì)在權(quán)威期刊Nucleic Acids Research（IF = 14.9）發(fā)表了題為“TPIA2: an updated tea plant information archive for Camellia genomics”的研究論文。該工作是團(tuán)隊(duì)在前期系統(tǒng)解析茶樹(shù)基因組（Wei et al., 2018, PNAS; Xia et al., 2020, Mol Plant）并構(gòu)建茶樹(shù)基因組數(shù)據(jù)庫(kù)（Xia et al., 2019, Plant Biotechnol J）的基礎(chǔ)上，進(jìn)一步整合海量的山茶屬植物遺傳數(shù)據(jù)開(kāi)發(fā)的多功能基因組數(shù)據(jù)庫(kù)與分析平臺(tái)（TPIA2: http://tpia.teaplants.cn），旨在加速茶樹(shù)及其野生近緣植物的功能基因組學(xué)研究，促進(jìn)世界對(duì)茶的科學(xué)認(rèn)識(shí)、傳播與利用。
數(shù)據(jù)庫(kù)目前主要包括7個(gè)栽培茶樹(shù)品種和3個(gè)野生近緣種的參考基因組、21類(lèi)茶樹(shù)葉片發(fā)育/組織和生物與非生物脅迫的基因表達(dá)譜、116種山茶屬植物的轉(zhuǎn)錄組、350種代表性茶樹(shù)品種的遺傳變異譜、107種山茶屬植物的代謝譜（兒茶素，茶氨酸和咖啡堿）、17個(gè)茶樹(shù)低溫條件下的DNA甲基化組、10個(gè)基因組之間的共線(xiàn)塊和直系同源基因以及系統(tǒng)的基因功能注釋等信息。
針對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)中的海量數(shù)據(jù)，數(shù)據(jù)庫(kù)還集成和開(kāi)發(fā)了11類(lèi)簡(jiǎn)單且實(shí)用的數(shù)據(jù)分析工具，包括基因組瀏覽器、基因功能搜索、序列批量獲取、序列比對(duì)（BLAST）、基因ID轉(zhuǎn)換、KEGG/GO功能富集分析、群體遺傳分析、相關(guān)性分析、開(kāi)放閱讀框查找、引物設(shè)計(jì)、SSR分子標(biāo)記開(kāi)發(fā)等，以輔助茶樹(shù)功能基因組學(xué)和遺傳育種研究。
實(shí)驗(yàn)室博士后高琪娟、童偉副教授為論文共同第一作者，夏恩華教授為通訊作者。宛曉春教授、李方東高級(jí)實(shí)驗(yàn)師、吳瓊博士、王艷麗參與了此項(xiàng)研究工作。該研究得到了國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、國(guó)家自然科學(xué)基金、安徽省高校知名專(zhuān)家和安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)神農(nóng)優(yōu)才計(jì)劃等項(xiàng)目的資助。
文章鏈接：https://doi.org/10.1093/nar/gkad701
